1.電子文件的整理。它是指按照一定的原則和方法，將收集積累的電子文件分門別類進行清理，為歸檔做好準備的工作。電子文件整理包括兩個層次：一是對分類、排序的組織。就是將磁性載體傳遞的零散的、雜亂的電子文件通過分類、標引、組合，使電子文件存儲格式處于一種有序狀態。文件名稱、文件號、分類和隸屬編號等電子文件的著錄標引應由歸檔人員來完成。著錄標引在整理工作中占有重要地位，其質量好壞，將直接影響未來的電子檔案保管和利用。在整理過程中，可能會遇到文件格式重新編排和重新組合。這種格式轉換有可能損傷數據，損害作為證據的電子文件的真實性。但隨著技術的發展，不斷解決這一格式轉換問題，并保證電子文件的真實性、完整性，是歸檔人員和檔案管理部門整理電子檔案的一項重要內容。二是組織建立數據庫。主要工作內容：首先是對電子文件進行分類和編號。一個單位的電子文件類別是多種多樣的，對這些電子文件要進行分門別類地管理，就要進行科學的分類。要按門類劃分要求，結合本單位的專業和電子文件內容制定分類編號方案。分類編號就是按照分類編號方案的規定對電子文件進行劃分，并給每份電子文件一個固定的唯一的號碼，從而使全部電子文件成為一個有機的整體。其次對電子文件的登記。電子文件的整理是未來的電子檔案管理和利用等工作的基礎。
   與紙質文件相比較，電子文件在數據庫中是以虛擬形式存在的，經過對電子文件的科學整理、構成有序的虛擬狀態，通過檢索，可以提取電子文件并在計算機屏幕上顯示出來，數據庫是存、取電子文件的“虛擬文件庫”。特別說明的是，無論在任何條件環境下，都要拷貝一套保存，并對這套的軟、硬件環境作說明。有些必須以紙質文件存在時，可輸出紙質文件保存。
   2.電子文件的歸檔。電子文件的歸檔是將應歸檔的經過整理的電子文件，確定檔案屬性后，從計算機或網絡的存貯器上拷貝或刻錄到可移動的磁、光介質上以便長期保存的工作過程。不同環境條件產生的電子文件其歸檔的方法是不同的，如果是網絡，可按要求轉到檔案數據庫或記有歸檔的標識。如果是載體傳遞歸檔，就要做一些檔案數據庫或記有歸檔的標識。如果是載體傳遞歸檔就要做一些輔助和認證工作，要與紙質文件結合歸檔。歸檔工作的主要內容有：
   (1)確定電子文件的歸檔范圍，是歸檔的首要任務，也是保證電子檔案質量的關鍵。
   (2)明確歸檔時間。電子文件的歸檔一般在年度或任務完成后，或一個階段之后的一段時間內進行歸檔(稱階段歸檔)，可視其具體情況而定。因涉及到電子文件的技術環境條件，存貯介質的質量、壽命等問題，一般以不超過2-3個月為宜。
   (3)歸檔份數。一般拷貝二套，保存一套，借閱一套。即使在網上進行，也要保存一套。必要時應保存兩套，其中一套異地保存。這樣可以大大提高安全性和可行性。
   (4)對電子文件歸檔的要求，主要是真實、完整，達到檔案的功能價值。要做到這一點，首先遵從歸檔各階段的規定、標準，如積累、鑒定等環節的規定、標準；其次是準確說明配套的軟、硬件環境；第三是歸檔電子文件格式盡可能的通用、標準。
   (5)歸檔方法。一是將最終版本的應歸檔的經過整理的電子文件存入磁、光介質上。二是壓縮歸檔，采用數據壓縮工具對網絡上應歸檔的經過整理的電子文件，進行壓縮，然后刻入磁、光介質上。但采用壓縮工具的過程必須統一、規范。三是備份系統歸檔，一般在局域網或其他網絡環境下采用。將確定要歸檔的電子文件在網上進行一次備份操作，就可將歸檔的電子文件存放在磁、光介質上。