由于檔案數字化管理在我國還屬于新興事物，并且在目前我國生產力水平不高，科學技術相對落后的條件下，數字化檔案管理還存在著這樣和那樣的問題，主要有四個方面的障礙。

（一）電子文件與紙質文件的“雙套制”保存，造成資源浪費。“雙套制”保存是指將具有相同內容的紙質文件和電子文件一并保存。在一些單位的辦公自動化網絡系統中，各部門在網上傳遞、承辦文件，提高了工作效率。但文件辦完后又輔發紙質文件歸檔保存。這樣就形成了相同內容、兩種類型的文件并發、保存的局面，造成人力、物力、財力的浪費，勢必影響電子文件的廣泛應用和檔案事業的進一步發展。

（二）辦公自動化系統與檔案管理系統不兼容，各自為政，給電子文件歸檔達成困難。據了解，目前很多大型企業都采用了以電子計算機及網絡技術為基礎的辦公自動化系統，這一系統絕大部分是由本單位或上級主管部門設計的軟件，而同一單位的檔案室使用的檔案管理系統則是檔案行政管理部門為使檔案現代化管理標準化、規范化、實現資源共享而推廣的檔案現代化管理軟件。由于這兩套系統設計單位不同，不同軟件環境下形成的數據難以轉換，無法進行電子文件歸檔，因而給原始數據的收集和錄人造成了一定的困難。

（三）電子文件的不安全因素，影響了對它的管理和長期保存。電子文件具有操作方便、傳遞快捷、存儲空間小等突出優點，但也會帶來一定的不安全因素。如電子文件對軟硬件設備的依賴、不能直讀、易更改、信息與載體相分離、數據丟失、病毒侵害等。這些都給電子文檔的安全保管和長期保存帶來很大威脅。

（四）數字化檔案的利用率不高，給企業的現代化進程造成障礙。雖然辦公自動化系統推行多時，但很多單位并沒有把提高電子文件管理意識當成一項緊迫的任務來抓，人們仍延續傳統觀念和管理模式，對文檔的借閱和檢索都由人工來完成，計算機在整個過程中的應用僅限干文字錄人、編輯和打印，成廠名副其實的“高檔打字機”。人們只看到伸手可及的有限的檔案，而忽略了以網絡形式傳遞的浩瀚的資料寶庫，不僅消耗了人力物力，而且使得電子文檔由干沒有得到合理的開發利用而造成雙重的浪費。

    如果進一步剖析企業檔案管理數字化障礙的根源，便會后楚地看到主要表現在以下幾個問題上：一是缺乏信息化網絡平臺，沒有形成標準統一的數據庫系統和信息共享機制；二是各系統（人事、財務、業務）條塊分割，信息資源共享水平不高，電子管理意識薄弱；三是電子文件的管理不規范、制度不健全，安全性上存在隱患。