水淹后的檔案需要得到迅速而準確的搶救，目的是防止檔案繼續受損。紙質檔案如不及時搶救，會使紙張機械強度下降，并易滋生霉菌，在霉菌代謝物作用下，紙張酸度增加，甚至粘連成“磚”。應根據具體受災情況，選用適當的搶救方法。
        1、去污泥處理法
        由于水淹檔案上往往帶有泥沙、污物等，需用軟毛刷蘸以潔凈的清水清洗。1、針對泥沙處小心清洗，避免因過多的蘸水和清洗導致紙張起皺變形；2、對染有顏色、油污類等污染物的檔案，需單獨處理并分開放置，避免污染相臨檔案；3、將去污處理后的檔案展平放置于塑料筐內，待進一步減濕干燥處理。
        2、減濕干燥法
        去濕機干燥法是為水浸檔案創造一個持續低濕的環境并適當增加環境溫度，使檔案中的水分迅速蒸發以達到去濕干燥的目的。
        選用木架擺放檔案。將檔案展平放置，為了加快干燥，可在木架上先鋪上吸水紙，并在檔案內夾入吸水紙用于吸收紙張中的水分，然后開啟去濕機除濕，當被淹沒檔案紙張含水量降至手感稍潮時，進行壓平處理。在平展狀態下干燥至正常含水量。這種方法速度快，操作方便，室內溫度、濕度條件可控，檔案不易起皺變形，非常適用于珍貴檔案文獻的搶救，為了確保減濕干燥的工作的順利進行，要求工作間密閉條件好，配備足夠的去濕機。 
        3、自然涼干法
        此法適用于受災程度較輕的檔案。
        準備軟毛刷、排筆、毛氈、吸水紙等材料，將檔案瀝去明水，放在通風條件好的房間內展平放置；或采用吸水紙反復撤潮，盡量去除明水。在自然涼干過程中，每天定時翻動兩次以上。此法干燥速度很慢，若檔案受災嚴重，含水量過高，不宜采用。
        水淹后檔案由于含水量過高，容易生霉。因此災后搶救過程中要嚴密監測工作間溫濕度及檔案的含水情況，以便及時采取措施。
        檔案工作者應牢固樹立防災意識，尤其是易發生洪澇災害的地區，要實行專人負責，與氣象部門保持密切聯系，及時了解當的天氣預測情況及汛情通報，以便制訂有效的應急反應計劃，力爭把突然性災害造成的損失控制在最低程度。