紙質檔案在遭受水淹之后，必須立刻搶救，否則容易霉爛。應盡快降低水淹檔案環境的溫度，加快空氣流動，然后采用冷凍、去污、干燥、消毒等方法加以處理。 

1、冷凍

將紙質檔案用冷凍紙、蠟紙或硅紙包起來，并標明檔案名稱、卷宗號碼、原放置的地點。隨后放在堅固的硬紙盒或塑料盒中送入冷柜。冷凍的溫度低于-29℃。以使水淹檔案盡快地處于穩定狀態，制止檔案發生變形和變質。 

2、去污（清除污泥）

清除泥污前，首先應該鑒別字跡的耐水性，然后根據情況分別處理。

對水溶性字跡的檔案，用聚脂膠片輕輕刮除紙張上的污泥，然后將其分散成單頁，放置于陰涼處干燥。定時將其沿裝訂處慢慢卷一次，再翻過來卷一次，反復進行幾次，待其全部晾干后，用小刀輕輕刮去紙上的污泥，再用排筆順一個方向刷去浮土。

對字跡不溶于水的檔案，可將其浸泡在干凈的清水中，用海綿在水中輕輕擦去污泥。然后換凈水，再進行一次，最后在流動水中清洗一遍，取出后放在吸水紙上進行干燥。

3、干燥

干燥主要有自然干燥法、去濕機減濕干燥法、真空冷凍干燥法、遠紅外干燥法和常溫低壓干燥法。無論采用哪種干燥方法，都不能夠損壞檔案制成材料。因此切不可把水淹檔案放在陽光下暴曬，以防止陽光中的紫外光加快紙張中纖維素的水解和光降解速度，損害紙張的壽命。 

4、消毒

水淹紙質檔案極易長霉，要及時進行消毒處理。

①水災現場消毒處理。可用百里酚藥劑對水淹檔案現場進行噴霧，以防止水淹檔案大面積長霉。

②大規模消毒。用甲醛溶液等藥劑對經過干燥后的紙質檔案進行熏蒸消毒。也可在紙質檔案干燥前，用百里酚藥紙夾入檔案內。

消毒后的紙質檔案有的還可能長霉，入庫前可將該部分檔案放在溫度18℃、相對濕度35-45％環境中，觀察是否有長霉現象。受潮干燥后的紙質檔案，一般應觀察6個月左右。入庫后在一年之內還要進行抽查和監測，隨時注意是否有霉變發生。